Valstybiniai ir vyriausybiniai apdovanojimai
Lietuvos Respublikos mokslo premijos
Arnoldas Deltuva (2018)
Pavelas Bogdanovičius, Gediminas Gaigalas, Alicija Kupliauskienė (2013)
Gediminas Juzeliūnas, Bronislovas Kaulakys, Julius Ruseckas (2007)
Antanas Bartkevičius, Gražina Tautvaišienė, Vytautas Straižys, Kazimieras Zdanavičius (2003)
Zenonas Rudzikas (1998)
Romualdas Karazija (1995)
Lietuvos Respublikinės premijos
Sigitas Ališauskas (1984)
Zenonas Rudzikas (1976)
Vytautas Straižys (1973)
Lietuvos Ministrų Tarybos mokslo premija
Pavelas Bogdanovičius, Albertas Kancerevičius, Vladas Tutlys (1987)
LDK Gedimino ordino Karininko kryžius
Romualdas Karazija (2003)
Vytautas Straižys (2003)
LDK Gedimino IV laipsnio ordinas
Zenonas Rudzikas (2001)
Lietuvos aukščiausiojo laipsnio valstybės stipendijos
Bronislovas Kaulakys (1999 - 2000)
Sigitas Ališauskas (2001 - 2002)
Vilniaus universiteto Rektoriaus mokslo premija
Gediminas Gaigalas (2018)
Gražina Tautvaišienė (2016)
Arnoldas Deltuva (2015)
Gražina Tautvaišienė (2011)
Gediminas Juzeliunas (2010)
Vilniaus universiteto Rektoriaus jaunųjų mokslininkų mokslo premija
Julius Ruseckas (2010)
Jaunojo mokslininko valstybės stipendijos
Jelena Tamulienė (2002)
Rasa Karpuškienė (2001)
Gediminas Gaigalas (1991)
Tarptautinės mokslininkų sąjungos stipendijos
Jelena Tamulienė (2006)
Lietuvos jaunųjų mokslininkų sąjungos geriausios disertacijos premija
Julius Ruseckas (2007)
LR Prezidento padėkos raštai
Pavelas Bogdanovičius (2015, 2014, 2013, 2012, 2011, 2010, 2004, 2002, 2001)
Gediminas Gaigalas (2005)
LR Prezidento sveikinimo raštai
Gediminas Gaigalas (2005)
LR Seimo padėkos raštai
Gediminas Gaigalas (2004)
Nusipelniusio mokslo veikėjo garbės vardas
Zenonas Rudzikas (1980)
Mokslų akademijų apdovanojimai
Lietuvos mokslų akademijos Adolfo Jucio premija
Bronislovas Kaulakys ir Julius Ruseckas (2017)
Gediminas Juzeliūnas (2014)
Pavelas Bogdanovičius, Romualdas Karazija, Alicija Kupliauskienė, Zenonas Rudzikas (2004)
Sigitas Ališauskas (1999)
LTSR MA Prezidiumo garbės raštas
Zenonas Rudzikas (1987)
TSRS MA medaliai
Kazimieras Černis (1984, 1980)
Lietuvos mokslų akademijos premija už geriausią jaunųjų mokslininkų darbą
Aušra Kynienė (2002)
Rasa Karpuškienė (2001)
Gediminas Gaigalas, Andrius Bernotas, Marius Jonas Vilkas (1991)
Bronislovas Kaulakys (1982)
TSRS geriausio studento mokslinio darbo konkurso apdovanojimas
Bronislovas Kaulakys (1976)
Užsienio ir tarptautinių organizacijų apdovanojimai, grantai, stipendijos
Amerikos astronomų draugijos premija
Gražina Tautvaišienė (1994)
Kazimieras Zdanavičius (1994)
Gunnar ir Gunnel Källen premija
Zenonas Rudzikas (1993)
Garbės medalis "Integralus humanizmas"
Zenonas Rudzikas (2001)
Amerikos fizikos draugijos grantas
Bronislovas Kaulakys (1993)
Tarptautinio mokslo fondo grantai
Sigitas Ališauskas (1994-1995, 1993)
Bronislovas Kaulakys (1994-1995)
Alexander von Humboldt'o fondo stipendija
Arnoldas Deltuva (2017-2019)
Gediminas Juzeliūnas (1999-2000, 1997-1998)
Bronislovas Kaulakys (1997, 1990-1992)
Šiaurės šalių Ministrų tarybos Baltijos stipendija
Andrius Bernotas (1998, 1996)
Gražina Tautvaišienė (1997)
Fullbright'o stipendija
Gediminas Juzeliūnas (2000-2001)
Deutscher Akademischer Austauscherdienst grantas
Gediminas Gaigalas (2004)
Apdovanojimai už pedagoginę veiklą
Fizikos fakulteto geriausio metų dėstytojo apdovanojimas
Thomas Gajdosik (2023)
Apdovanojimai už mokslo populiarinimo veiklą
Pasaulinės intelektinės nuosavybės organizacijos nacionalinis apdovanojimas
Romualdas Karazija (2003)
TSRS Žinijos draugijos geriausio mokslo populiarinimo knygos konkurso II premija
Romualdas Karazija (1982)
LR Švietimo ir mokslo ministerijos mokslo populiarinimo darbų konkurso I vietos padėkos raštai ir premijos
Vytautas Straižys (2003)
Romualdas Karazija (2003)