Cheminės fizikos instituto pagrindinė veikla yra dalyvavimas studijų procese bei mokslo plėtojimas. Institute atliekami moksliniai darbai susiję su šviesos indukuotų vyksmų medžiagose teoriniais ir eksperimentiniais tyrimais bei taikymais. Prioritetinės kryptys – Fotosintezė, fotoizomerizmas, konformaciniai virsmai, molekuliniai kompleksai, krūvio atskyrimo problemos, spektriniai metodai ir jų vystymas. Mokslinė instituto veikla vykdoma trijose mokslinėse teminėse grupėse - (I) Molekulių spektroskopijos, (II) Molekulių teorijos ir modeliavimo, (III) Kietojo kūno fizikos.